Можно ли изменить ЧПУ в MaxSite CMS?

Для движка такая структура URL является инородной. Т.е. даже если получится такое реализовать (например, через написание плагина, который будет обрабатывать хук на 404 ошибку), то это будут «дикие костыли».

Как вы уже знаете - вполне можно. Достаточно воспользоваться плагином friendly_urls

А возможно ли средствами MaxSite создавать страницы в одинаковыми урлами, но в разных категориях

Дело в том, что на уровне самого движка нет возможности создать записи с одинаковыми slug (короткими адресами). Поэтому ответ - нет.